सन् 1963 ई० में बैक्टीरिया एशरिशिया कोलाई से दो एंजाइम पृथक किए गए जो जीवाणुभोजी की वृद्धि को रोक देते हैं।
इनमें से एक एंजाइम DNA से मेथिल समूह को जोड़ता है जबकि दूसरा एंजाइम DNA को काटता है। बाद वाले एंजाइम को प्रतिबंधन एण्डोन्युक्लिएज कहा गया।
वर्तमान में 900 से अधिक प्रतिबंधन एंजाइमों का विस्तृत विवरण प्राप्त है जो जीवाणुओं के 230 से अधिक प्रभेदों से अलग किए गए हैं।
इनमें प्रत्येक प्रतिबंधन एंजाइम विभिन्न अनुक्रमों को पहचानते हैं।
प्रतिबंधन एंजाइम के कुछ उदाहरण – EcoRI, BamHI, Hind III