इस तकनीक द्वारा DNA के छोटे खंड की पहचान की जाती है।
इस तकनीक में DNA का रिस्ट्रीकसन इन्डोन्यूक्लीयेज इन्जाइम की मदद से काटकर जेल में रखा जाता है, फिर रासायनिक आधार में मिलाया जाता है।
विभिन्न जगहों पर नाइट्रो सेलुलोज छनन पेपर पर DNA को सोंख लिया जाता है। इस प्रकार DNA probe द्वारा DNA खंड की पहचान की जाती है।