HCl, अमाशय में प्रोटीन (Protein) को पचाने के लिए माध्यम को अम्लीय (Acidic) बनाता है, क्योंकि यहां प्रोटीन का पाचन पेप्सिन द्वारा होता है, जो अम्लीय माध्यम में ही कार्य कर सकता है एवं यह हानिकारक जीवाणुओं को मारने एवं भोजन को पचाने में सहायता करता है।