मस्तिष्क शरीर का मुख्य समन्वय केन्द्र है। यह मेरुरज्जु से प्राप्त की गई सूचनाओं पर सोचने एवं उनका विश्लेषण करने का कार्य करता है मस्तिष्क में प्रतिवर्ती क्रियाओं के संदेश भेजे जाते हैं।
कुछ प्रतिवर्ती क्रियाएँ सीधे मस्तिष्क द्वारा ही नियन्त्रित होती हैं।
तीव्र प्रकाश में हमारे नेत्र की पुतली का संकुचित होना इसका एक उदाहरण है।