प्रारंभ कोडोन : अधिकांश प्रोटीन या पॉलिपेप्टाइड में प्रथम एमीनो अम्ल मिथियोनिन होता है एवं mRNA पर इसके लिए AUG या कभी-कभी GUG कोडोन रहते हैं। चेन बनने के पहले मिथियोनिन का फॉर्माइलेटेड होना आवश्यक होता है। वैसे कोडोन, जो पॉलिपेप्टाइड चेन बनाने की प्रक्रिया शुरू करते हैं उसे (AUG) चेन प्रारंभ कोडोन कहते हैं।
समापन कोडोन : 64 कोडोनों में तीन कोडोन (UAA, UAG एवं UGA) ऐसे होते हैं जो पॉलिपेप्टाइड चेन के समापन का संकेत देते हैं। इन्हें चेन समापन कोडोन कहते हैं।
चूँकि ये किसी एमीनो अम्ल का संकेतवाहक नहीं होते हैं, अतः इन्हें नॉनसेंस कोडोन भी कहते हैं। mRNA में ये जहाँ रहते हैं, पॉलिपेप्टाइड शृंखला बनने की क्रिया वहाँ रोक देते हैं।
